依據經濟部國際貿易局2012年3月19日貿服字第1010510546號函，香港海關為加速中轉證明書之核發，已簡化相關申請程序如:
(1）中轉證明之申請英於抵港1天前提出。
(2）一般情況已傳真或電子郵件（[email protected]）遞交申請文件，應檢附文件（ex: 提單‧艙單‧原產證及香港商業登記證）以副本代替正本；特殊情況才需申請人出示文件證本供查核。
（3）提交之基本資料包括首程資料‧提單及收貨人等資料；其他資料包括尾程資料‧原產證及香港商業登記證等可於發出確認書前補交。申請人如有困難可提出，香港海關將視情況作特別考慮及處理。
（4）原船原櫃原單之ECFA早收貨物只查核文件，免加封條。
（5）貨主本人及貨主代表均可申請中轉證明書，貨主代表包括但不限於貨運代理。「香港海關ECFA服務申請表表格」及「香港海關確認書」請參考連結